有一次他游萧山，遇见两个兵卒抢掠两个女子，他对清兵先是好言相劝，然后夺刀杀死两名清兵，并护送女子还回，他不得已逃匿江湖。1659年（清顺治十六年），入旗籍，隶属汉军镶红旗。1663年（康熙二年），八旗乡试，姚启圣考中举人第一名，被任职为广东香山知县。1668年（顺治七年），新任广东总督卢兴祖揭发平南王尚可喜等广东官员走私澳门，而且大多从香山县境出海。清政府以“擅开海禁、私通澳夷”的罪名将姚启圣革职并判处死刑。后来遇大赦，在广东经商为生。
1673年（康熙十二年），平西王吴三桂在云南宣布独立。次年，靖南王耿精忠和平南王尚之信也分别于福建和广东叛清。郑经派人从台湾渡海而来，在福建招纳归部。清政府急命康亲王杰书南下浙江，指挥东南平叛军务。姚启圣捐资募兵数百人，投效康亲王，得以复任诸暨知县。姚启圣善于揣摩康亲王的意图，屡献奇谋，亲王非常器重他。1675年（康熙十四年），因军功升为浙江温处道佥事。
1676年（康熙十五年九月），清军击败浙江、江西境内的耿精忠部队，分几路进入福建。姚启圣为清军前锋，耿精忠见势不妙，想要投降清朝，但又担心清政府不会接受，所以犹豫不决。姚启圣单骑到福州劝降，胸藏韬略，议论恢闳。耿精忠瞻其风仪，深为折服，说：“是殆李抱真之流，定不欺我”，于是决定投降。从此，福建清军得以全力对付郑经，姚启圣以功升福建布政使。
1677年（康熙十六年），姚启圣随清军先后收复被郑经部占据的邵武、兴化、泉州和漳州等地，兵临广东潮州。据守潮、惠的郑经大将刘进忠派陈文?谒康亲王，窥探虚实。姚启圣与陈文?有旧交，合谋招抚刘进忠。六月初六日，刘进忠率部剃发降清。下半年，吴三桂将领韩大任在江西久攻不利，突围到汀州，准备下海投靠郑经。姚启圣认为韩大任是骁将，更不可以让他成为敌方将领，又单骑到他的军营进行劝降。1678年（康熙十七年二月），韩大任降清，姚启圣选其精锐2000人作为亲军。
同年春，郑经用刘国轩、吴淑、何佑等统兵反攻，连战全胜，在海澄围困住了清军主力。福建总督郎廷相见势不妙，要求康亲王急调姚启圣部来援救，表示让位于他。六月，清廷任命姚启圣为福建总督，筹解海澄之围。没过几天，海澄食尽城陷，3万清军全部被歼，形势极为严峻。姚启圣连上十疏，请调各路大军赴援，并密陈郑经所以能在福建唐突，是因为福建人为他所用，建议应当先稳定福建民心，敌将自退。康熙帝看到后非常高兴，对诸阁臣道：“现在闽督得到了合适的人选，贼可平矣。”特降玺书褒扬。
同年七八月，姚启圣遣兵间道收复平和、漳平，并调各路援军逼近泉州。九月，刘国轩放弃泉州，集中兵力转攻漳州。姚启圣和耿精忠等合兵8000人出城迎战，冲破刘国轩的营垒，俘斩4000余人，扭转福建战局。姚启圣率部乘胜进攻，连克长泰、同安，刘国轩退守海澄。鉴于海澄与厦门、金门、海坛相首尾，不可猝下，姚启圣先后派遣张雄和黄志美到厦门与郑经议和，都没成功。年底，姚启圣奉命在福建再行迁界。于是，“上自福宁，下至诏安，赶逐百姓重入内地，或十里，或二十里。”在界线上安营扎寨，严禁百姓提供物资接济郑军。
1679年（康熙十八年）春，姚启圣在漳州设立修来馆，专门招抚郑氏官兵，凡来投诚者一律发给银牌以示奖赏。有官职的上报吏部以原职起用，有逃走再来冒领奖赏者也不追究。两年内，共招抚明郑官员5153名，士兵35677名，或就地入伍御敌，或随行征剿，推心置腹不疑，异于郎廷相之怀疑闽人而不敢用。姚启圣奏请复设福建水师提督，统一指挥各地水师；又与巡抚吴兴祚造船300艘，用投诚的郑氏官兵充水师员弁，很快组成2万余人的水师队伍。
1680年（康熙十九年二月），福建水师提督万正色率舰队攻克海坛，姚启圣等也督师收复海澄，并乘胜渡海，收复金、厦二岛。郑经仅率千余残兵逃回台湾。当时，郑经的水师主力在朱天贵率领下仍聚集于铜山，有船300艘，人员2万多。姚启圣急忙派人赶到铜山招抚，朱天贵率部投诚。姚启圣以功升兵部尚书、太子太保兼都察院右副都御史。
姚启圣勤于公务，事无大小皆亲自处理。入闽时年54岁，发浓黑，两眼如炬，任总督后，仅3年时间，鬓发皓白。姚启圣除处理军务外，也关心地方行政。当时，大批八旗兵驻扎福建，经常骚扰居民，“淫其妻女，系其老幼，喑恶叱咤。稍不如意，?楚横至，日有死者”。姚启圣蒿目伤心，在郑经退至沿海岛屿时，就上疏要求调回八旗军队，及至厦门克服，请益力，终将大部旗兵调离福建。旗兵撤离时，将驱使被虏掠的2万余名百姓同行，姚启圣又以重金贿赂康亲王，请其下令：“军中敢有挈归良民男妇者斩。”并出资30万两银子，赎回被掳百姓，让其回乡。在收复沿海岛屿后，即请“开海界，复民业”，以使闽人重获“耕渔衣食之资”。
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