原为郑芝龙和郑成功的部将，投降清朝后被任命为清军同安副将，不久又被提升为同安总兵、福建水师提督，先后率师驻守同安、海澄、厦门，参与清军对郑军的进攻和招抚，1683年率清军渡海收复台湾。
托梦
有一年，施琅母亲病重，施琅四处问药都未见功效。一日，他听说永春百丈岩马氏娘娘施药普济众生，甚是灵验，托嘱妻子照看好母亲，自己专程赶到百丈岩，其时天色已夜，当夜在百丈岩住宿，睡中入梦，他梦见马氏娘娘要他宽心，病十日内即可痊愈，正要问施什么药时，天亮了。他急忙披衣到寺堂焚香叩救赐药，一位和尚急匆匆走过来说：“敢问施主可是施琅大人？”施琅点头称是，和尚取出九包草药，教他如何煎制，顷刻间不见了。施琅急忙忙把药带回晋江，如法炮制，服过三贴药后，母亲病已有好转，再服三贴已能下床，最后服完三贴，母病即已痊愈，一家人十分欢喜，皆称马氏仙药灵验。
向天烛
施母病好之后，叫儿子要抽时间专程到百丈岩道谢。因当时操练水师繁忙，一拖就是半年。一个暑天中午，施琅躺在屋后龙眼树下乘凉，不知不觉睡着了，并且作了一个梦，梦中的人事物醒来仍然记得清清楚楚。第二天，他带领几个弟兄，依梦所指，风尘仆仆来到永春，询问有没有一座雪山岩，那里是不是火山口，当得到肯定答复时，他十分惊讶，同梦里所说完全吻合。于是他请人在雪山处查找一块火成岩石，其状其貌均按梦中所述，找了三天三夜，终于在山顶上的一个槽里找到它，同他梦中所见一模一样。可是，这么大的石头怎么搬动呢？他请来能工巧匠，用木框架好，下山用推，上山用拉。说来奇怪，几吨重的石头像听从人意似的，下坡滚动从不出轨，上坡时忽然变得轻如羽毛，只要几个人拉便可顺利登山。这块石头搬动了三天三夜，终于依梦所托登上百丈岩寺。中午时分，石头不偏不倚下落在马氏庙前，随后下了一阵西北雨，将石头清洗得干干净净，民工们像洗了一个淋水澡，不断地欢呼雀跃着。一会儿，雨停了，大家这才看清这块巨石底部大，顶部小，像一台蜡烛。忽然间，石顶金光闪闪，任凭风吹雨打都不会熄灭。后来人们把巨石叫向天烛，也叫神烛！
如今，向天烛仍然巍然耸立，金光闪烁，成了百丈岩的一处胜景。
镇海石
康熙皇帝要施琅统率水师收复台湾。临战前，施琅又来到百丈岩，当他登上山腰时，猛地看见一只梅花鹿匆匆向他跑来，四下一望也没人追赶。梅花鹿在他身边绕了三圈后，拿起玉石放在施琅手上，然后又绕行三圈，沿山上跑了，一会儿就不见了。施琅拿起玉石一看，只见眼上穿着一条红线，似乎佩带，正面写一个“海”字，背面写一个“施”字，他把玉石揣在怀里，一再揣摸仍不解其意。登上马氏庙，烧了三柱香，抽了三回签，仍然不得其解，只见一位和尚告诉他：“海战时一定要佩带它”。一天，水师云集海上，一声炮响，千船竞发，向着台湾岛进军。施琅不忘把玉石挂在脖子上，紧贴怀里。邻近台湾岛时，郑军万炮齐轰、万箭齐发，海面火光冲天，此时突然海浪冲天，海水漫进船舱。施琅一面沉着指挥作战，一面亲自烧了三柱香放在船头，忽听“咣啷”一声玉石坠地，施琅突然明白过来，捧起玉石，高高地举起狠狠地往水中一掷。说来奇怪，海浪平静下去，海水碧波荡漾，水师们一鼓作气，冲杀过去，登上海岸，打得郑军落花流水，最后郑军全军覆灭，施琅收复了台湾，又一次统一了祖国。后来，有人说那梅花鹿是马氏娘娘变的，玉石是镇海石，也是镇妖石。
收复台湾后，施琅向康熙皇帝缴旨并受到嘉赏。回晋江后，他专程来到百丈岩叩谢，并即兴题写了一首诗《咏百丈岩》：一峰高出插青天，百丈崔巍烛样传；真个凌云为咫尺，不知何代隐三仙。登临已是虚空上，潦倒无非秀佛前。谢得苏君能醉客，指看桑梓数峰悬。
台湾归还荷兰密议
“三藩之乱”期间，福建主政者耿精忠与广东主政者尚之信均鼓励手下商人前往日本与东南亚贸易，以支应财政开销。台湾主政者郑经也占领福建海澄、广东南头（珠江口东北面）水域，以经营对中国的贸易。1680年代起，在清廷逐步掌握闽、粤两省后，开始整肃耿、尚两藩下的外贸商。以沈上达为首的广东外贸商，遭受到全面压制；而福建外贸商则在总督姚启圣筹备征台军需的借口下，得以苟延残喘。郑氏势力在撤出中国沿岸后，因清廷对闽、广外贸商之整肃，以及台湾天灾、暹罗洋米涨价等因素之影响，发生了军饷与军粮周转不灵的现象。1683年夏季，清军水师在施琅率领下，于澎湖击败郑军。东宁明郑集团决定投降清廷“举国归命”，以免因洋米被截，导致饥荒。施琅在与英、荷两国滞台人员接触后，计划以“台湾归还荷兰”等方式，诱引英、荷两国人前往福建或台湾贸易，并以“外国贪涎”为由，力促清廷维持海禁，以达成让福建外贸商垄断中国外贸的目标。然施琅此一企图，并未获得荷兰当局支持，遂于1684年，在康熙帝坚持开海，以及福建、两广总督不予配合的多重因素下破灭。
施琅与妈祖
施琅底定全台，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖“天妃”赐晋天后（宋徽宗时期，中国朝廷已颁福建所信仰的妈祖以“正妃”称号、元朝皇帝进封“天妃”），1684年（康熙二十三年）清廷准奏，且进颁“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”敕号，改台南宁靖王府为大天后宫，派满族大臣礼部侍郎（三品）雅虎致祭。雍正四年，皇帝又御书“神昭海表”匾，由台湾镇总兵林亮迎至天后宫敬悬，乾隆时期清廷又颁旨改官祀，天后宫之名称逐渐普及至今。
当时施琅从湄洲岛带的古妈祖黑面二妈，如今安置在鹿港天后宫，供众信徒膜拜，此尊神像已有一千年的历史，全世界仅此一尊，大陆本有两尊开基妈，但都毁于文化大革命。
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